1、會計科目及專欄設置
一般納稅人應在「應交稅費」科目下增設六個二級科目：“預繳增值稅”、“待認證進項稅額”、“待轉銷項稅額”、“簡易計稅”、“轉讓金融商品應交增值稅”、“代扣代交增值稅”，取消一個二級科目“增值稅檢查調整”。至此，“應交稅費”下屬與增值稅有關的二級明細科目由原來的五個增加到十個，涂紅為新增。
“營業稅金及附加”科目名稱調整為“稅金及附加”科目，該科目核算企業經營活動發生的消費稅、城市維護建設稅、資源稅、教育費附加及房產稅、土地使用稅、車船使用稅、印花稅等相關稅費；
利潤表中的“營業稅金及附加”項目調整為“稅金及附加”項目。
2、賬務處理分類講解
進項業務會計處理：
【情況一】
所有進項業務，如果購進（建）前，即可明確本業務不屬于可抵扣范圍的，如貸款服務、餐飲服務等，取得增值稅專用發票時，應借記相關成本費用或資產科目，借記“應交稅費——待認證進項稅額”科目，貸記“銀行存款”、“應付賬款”等科目，經稅務機關認證后，應借記相關成本費用或資產科目，貸記“應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出）”科目。
小規模納稅人發生的進項業務，以及一般納稅人發生進項業務小規模納稅人購買物資、服務、無形資產或不動產，取得增值稅專用發票上注明的增值稅應計入相關成本費用或資產，不通過“應交稅費——應交增值稅”科目核算。
【情況二】
情況一之外的進項業務，購進（建）時，由于稅會時間差異，尚未認證抵扣的進項稅額，如未取得扣稅憑證、已取得但尚未認證、已取得但未經稅務機關認證通過，應在月末按貨物清單或相關合同協議上的價格暫估入賬，不需要將增值稅的進項稅額暫估入賬。下月初，用紅字沖銷原暫估入賬金額，待取得相關增值稅扣稅憑證并經認證后，按可抵扣的增值稅額，借記“應交稅費——應交增值稅（進項稅額）”科目，按應付金額，貸記“應付賬款”等科目。
【情況三】
不動產以外的進項業務，取得扣稅憑證且已認證抵扣的，按可抵扣的進項稅額，計入“應交稅費—應交增值稅（進項稅額）”科目。
【情況四】
購進不動產或不動產在建工程按規定進項稅額分年抵扣的賬務處理。一般納稅人自2016年5月1日后取得并按固定資產核算的不動產或者2016年5月1日后取得的不動產在建工程，其進項稅額按現行增值稅制度規定自取得之日起分2年從銷項稅額中抵扣的，應當按取得成本，借記“固定資產”、“在建工程”等科目，按當期可抵扣的增值稅額，借記“應交稅費——應交增值稅（進項稅額）”科目，按以后期間可抵扣的增值稅額，借記“應交稅費——待抵扣進項稅額”科目，按應付或實際支付的金額，貸記“應付賬款”、“應付票據”、“銀行存款”等科目。尚未抵扣的進項稅額待以后期間允許抵扣時，按允許抵扣的金額，借記“應交稅費——應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記“應交稅費——待抵扣進項稅額”科目。
【情況五】
購買方作為扣繳義務人的賬務處理。按照現行增值稅制度規定，境外單位或個人在境內發生應稅行為，在境內未設有經營機構的，以購買方為增值稅扣繳義務人。
扣繳義務會計核算兩步走：
第一步：購買時價稅分離，分別計入「應交稅費——進項稅額」科目借方和「應交稅費—代扣代交增值稅」科目貸方。
第二步：解繳稅款時，岸代扣代繳稅額，計入「應交稅費—代扣代交增值稅」科目借方和「銀行存款」科目貸方。
銷項業務的會計處理：
【發生納稅義務時】無論是正常銷售還是視同銷售，一般納稅人適用一般計稅方法計稅的應納稅額，通過“應交稅費——應交增值稅（銷項稅額)”科目核算；一般納稅人適用簡易計稅方法計稅的應納稅額，通過“應交稅費——簡易計稅”科目核算；小規模納稅人通過“應交稅費——應交增值稅”科目核算。
【未發生納稅義務】由于會計核算需要進行價稅分離時，也就是《規定》所稱會計收入或利得確認時點先于增值稅納稅義務發生時點的，應將相關銷項稅額計入“應交稅費——待轉銷項稅額”科目，待實際發生納稅義務時再轉入“應交稅費——應交增值稅（銷項稅額）”或“應交稅費——簡易計稅”科目。
【全面試行營業稅改征增值稅前已確認收入，此后產生增值稅納稅義務的賬務處理】
企業營業稅改征增值稅前已確認收入，但因未產生營業稅納稅義務而未計提營業稅的，在達到增值稅納稅義務時點時，企業應在確認應交增值稅銷項稅額的同時沖減當期收入；
已經計提營業稅且未繳納的，在達到增值稅納稅義務時點時，應借記“應交稅費——應交營業稅”、“應交稅費——應交城市維護建設稅”、“應交稅費——應交教育費附加”等科目，貸記“主營業務收入”科目，并根據調整后的收入計算確定計入“應交稅費——待轉銷項稅額”科目的金額,同時沖減收入。
差額征稅的會計處理：
《規定》指出，按現行增值稅制度規定企業發生相關成本費用允許扣減銷售額的，發生成本費用時，按應付或實際支付的金額，借記“主營業務成本”等科目，，貸記“應付賬款”、“應付票據”、“銀行存款”等科目。應當待取得合規增值稅扣稅憑證且納稅義務發生時，按允許抵扣的稅額，借記“應交稅費——應交增值稅（銷項稅額抵減）”或“應交稅費——簡易計稅”科目（小規模納稅人應借記“應交稅費——應交增值稅”科目），貸記“主營業務成本”、“存貨”、“工程施工”等科目。
出口退稅的賬務處理：
【未實行“免、抵、退”辦法的】
按規定計算的應收出口退稅額，
借：應收出口退稅款
貸：應交稅費——應交增值稅（出口退稅）
收到出口退稅時：
借：銀行存款
貸：應收出口退稅款
退稅額低于購進時取得的增值稅專用發票上的增值稅額的差額：
借：主營業務成本
貸：應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出）
【實行“免、抵、退”辦法的】
在貨物出口銷售后結轉產品銷售成本時：
按規定計算的退稅額低于購進時取得的增值稅專用發票上的增值稅額的差額：
借：主營業務成本
貸：應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出）
按規定計算的當期出口貨物的進項稅抵減內銷產品的應納稅額：
借：應交稅費——應交增值稅（出口抵減內銷產品應納稅額）
貸：應交稅費——應交增值稅（出口退稅）
在規定期限內，內銷產品的應納稅額不足以抵減出口貨物的進項稅額，不足部分按有關稅法規定給予退稅的，應在實際收到退稅款時：
借：銀行存款
貸：應交稅費——應交增值稅（出口退稅）
3、財務報表相關項目列示
“應交稅費”科目下的“應交增值稅”、“未交增值稅”、“待抵扣進項稅額”、“待認證進項稅額”、“增值稅留抵稅額”等明細科目期末借方余額應根據情況，在資產負債表中的“其他流動資產” 或“其他非流動資產”項目列示；
“應交稅費——待轉銷項稅額”等科目期末貸方余額應根據情況，在資產負債表中的“其他流動負債” 或“其他非流動負債”項目列示；
“應交稅費”科目下的“未交增值稅”、“簡易計稅”、“轉讓金融商品應交增值稅”、“代扣代交增值稅”等科目期末貸方余額應在資產負債表中的“應交稅費”項目列示。
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