在營改增后，根據應交增值稅銷項稅額減進項稅額的繳納方法，因房地產開發企業在非房地產開發項目存在增值稅進項稅額，如購進辦公用品、固定資產、特別是外購不動產的情況下，這些非房地產開發購進項目的進項稅額抵減了銷項稅額，進而影響到開發項目實際應承擔的應交增值稅及其附加稅費的計算。另外，在公司多個項目同時或交叉進行時，這些附加稅費如何劃分到項目，目前稅法沒有明確規定；固定資產、特別是外購不動產這些長期資產的大額進項稅額如何在不同清算項目間分配也無具體、可行的操作方法。
現就土地增稅清算時，幾種可能的附加稅費扣除方法，作簡要分析：
一、按照項目清算期間實際繳納的附加稅費扣除，可以解決扣除憑證問題，也最簡單，但存在下列問題：
1、單一項目運作時，根據應交增值稅銷項稅額減進項稅額的計算方法，當存在購進固定資產、特別是外購不動產這些長期資產的巨額進項稅額的情況下，將減少清算項目實際應承擔的應交增值稅及其附加稅費，同時減少了清算項目的扣除金額，造成清算項目多繳納土地增值稅；這同現實情況相違背。
2、當多個項目清算項目同時或交叉進行，但清算時間不同，房地產開發企業繳納的稅費附加如何在不同清算項目間進行合理劃分沒有規定；特別是存在購進上述長期資產時巨額的進項稅額情況下，這些巨額的進項稅額如果抵減了前一清算項目的應交增值稅及其附加稅費，將大大降低前一清算項目實際應承擔的稅費附加，同樣造成清算項目多繳納土地增值稅。如何在不同清算項目分配這些進項稅額？是按照不同清算項目的預計銷售金額還是預計成本金額？按照預計的銷售或成本金額分配，將面臨與實際金額的差異調整問題，已清算過的項目如何調整？
二、根據實際繳納的附加稅費與清算項目所屬的銷項稅額減進項稅額計算的應交增值稅的金額計算的附加稅費比較后，按照金額孰小確定，也可以解決稅費附加扣除憑證的問題，但存在下列問題：
1、需要企業建立項目增值稅銷項和進項的臺賬，企業土地增值稅清算時準備的資料量大大增加。
2、需要重新制定新的土地增值稅申報表（稅費附加項目）。
3、當多項目運作，實際繳納的附加稅費大于根據項目銷項稅額減進項稅額后的項目應交增值稅的金額計算的附加稅費，并且附加稅費繳納憑證需要分割時，分割后未扣除的金額是否需要稅務部分出具證明？稅務部門怎樣出具證明?這些沒有明確規定。
4、在實際繳納的附加稅費小于根據項目銷項稅額減進項稅額后的項目應交增值稅的金額計算的附加稅費，根據實際實際繳納的附加稅費扣除，將減少項目扣除金額，企業多交土地增值稅。
5、在清算下一個項目時，需要提供上一個項目扣除附加稅費的證明材料，增加土地增稅的清算核查工作量和難度。
6、在第一項分析里面存在的問題，同樣存在。
三、當單項目運營時，根據項目銷項稅額減進項稅額后的項目實際應交增值稅的金額計算的附加稅費的結果去確定，是相對較合理而簡單的方法，但存在下列問題：
1、需要企業建立項目增值稅銷項和進項的臺賬，企業土地增值稅清算時準備的資料量大大增加；
2、需要重新制定新的土地增值稅申報表（稅費附加項目）；
3、當實際繳納的附加稅費小于根據項目銷項稅額減進項稅額后的項目應交增值稅的金額計算的附加稅費時，無法解決扣除憑證問題。
4、當實際繳納的附加稅費大于根據項目銷項稅額減進項稅額后的項目應交增值稅的金額計算的附加稅費時，能否按實際扣除？
四、多項目同時運營，分項目建立建立項目所屬的增值稅銷項和進項稅額臺賬，然后按照上述第三項的方法計算扣除，存在下列問題：
1、上述第三項存在的問題同樣存在；
2、清算更加復雜。
結論及建議：
根據上述分析，第三、四項的方法能合理確定房地產開發企業清算項目最終應負擔的附加稅費，計算也相對簡單明晰，并更加符合現實情況，僅需要解決附加稅費的扣除憑證問題；對于扣除憑證問題的解決方法，建議稅務部門出臺相關文件進行規范，可參照房地產開發企業房產開發費用加計扣除的辦法，只要項目的進項和銷項稅額能夠合理、準確確定，直接計算得出項目應承擔的附加稅費，不需要扣除憑證。
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