《企業(yè)所得稅法》第五十條規(guī)定：“居民企業(yè)在中國(guó)境內(nèi)設(shè)立不具有法人資格的營(yíng)業(yè)機(jī)構(gòu)的，應(yīng)當(dāng)匯總計(jì)算并繳納企業(yè)所得稅。”我國(guó)從2008年起開(kāi)始實(shí)行法人所得稅制度，強(qiáng)調(diào)法人企業(yè)或組織為企業(yè)所得稅的納稅人，而非獨(dú)立核算的分支機(jī)構(gòu)將自動(dòng)匯總到公司總部繳納企業(yè)所得稅，企業(yè)在設(shè)立分支機(jī)構(gòu)時(shí)，因此需要謹(jǐn)慎選擇。
分公司與子公司的權(quán)衡
《公司法》第十四條規(guī)定：“子公司具有法人資格，依法獨(dú)立承擔(dān)民事責(zé)任；分公司不具有法人資格，其民事責(zé)任由公司承擔(dān)。”企業(yè)設(shè)立分支機(jī)構(gòu)，使其不具有法人資格，且不實(shí)行獨(dú)立核算，則可由總公司匯總繳納企業(yè)所得稅。這樣可以實(shí)現(xiàn)總公司調(diào)節(jié)盈虧，合理減輕企業(yè)所得稅的負(fù)擔(dān)。當(dāng)然，在設(shè)置分支機(jī)構(gòu)時(shí)有三個(gè)因素應(yīng)當(dāng)綜合考慮：
首先是分支機(jī)構(gòu)的盈虧情況，當(dāng)總公司盈利，新設(shè)置的分支機(jī)構(gòu)可能出現(xiàn)虧損時(shí)，應(yīng)當(dāng)選擇總分公司模式。根據(jù)稅法規(guī)定，分公司是非獨(dú)立納稅人，其虧損可以由總公司的利潤(rùn)彌補(bǔ)；如果設(shè)立子公司，子公司是獨(dú)立納稅人，其虧損只能由以后年度實(shí)現(xiàn)的利潤(rùn)彌補(bǔ)，且總公司不能彌補(bǔ)子公司的虧損，也不得沖減對(duì)子公司投資的投資成本。
當(dāng)總機(jī)構(gòu)虧損，新設(shè)置的分支機(jī)構(gòu)可能盈利時(shí)，應(yīng)當(dāng)選擇母子公司模式；子公司不需要承擔(dān)母公司的虧損，可以自我積累資金求得發(fā)展，總公司可以把其效益好的資產(chǎn)轉(zhuǎn)移給子公司，把不良資產(chǎn)處理掉。
其次是享受稅收優(yōu)惠的情況，按照稅法規(guī)定，當(dāng)總機(jī)構(gòu)享受稅收優(yōu)惠而分支機(jī)構(gòu)不享受優(yōu)惠時(shí)，可以選擇總分公司模式，使分支機(jī)構(gòu)也享受稅收優(yōu)惠待遇。如果分公司所在地有稅收優(yōu)惠政策，則當(dāng)分公司開(kāi)始盈利后，可以變更注冊(cè)分公司為子公司，享受當(dāng)?shù)氐亩愂諆?yōu)惠政策，這樣會(huì)收到較好的納稅效果。
再次是分支機(jī)構(gòu)的利潤(rùn)分配形式及風(fēng)險(xiǎn)責(zé)任問(wèn)題，分支機(jī)構(gòu)由于不具有獨(dú)立法人資格，所以不利于進(jìn)行獨(dú)立的利潤(rùn)分配。同時(shí)，分支機(jī)構(gòu)如果有風(fēng)險(xiǎn)及相關(guān)法律責(zé)任，可能會(huì)牽連到總公司，而子公司則沒(méi)有這種擔(dān)憂。
分公司與子公司的選擇
根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國(guó)稅發(fā)〔2008〕28號(hào)）規(guī)定：企業(yè)實(shí)行“統(tǒng)一計(jì)算、分級(jí)管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財(cái)政調(diào)庫(kù)”的企業(yè)所得稅征收管理辦法。即企業(yè)總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算包括企業(yè)所屬各個(gè)不具有法人資格的營(yíng)業(yè)機(jī)構(gòu)、場(chǎng)所在內(nèi)的全部應(yīng)納稅所得額、應(yīng)納稅額。但總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)都有對(duì)當(dāng)?shù)貦C(jī)構(gòu)進(jìn)行企業(yè)所得稅管理的責(zé)任，總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)應(yīng)分別接受機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)的管理。在每個(gè)納稅期間，總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)應(yīng)分月或分季分別向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)預(yù)繳企業(yè)所得稅。等年度終了后，總機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)進(jìn)行企業(yè)所得稅的年度匯算清繳，統(tǒng)一計(jì)算企業(yè)的年度應(yīng)納所得稅額，抵減總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)當(dāng)年已就地分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補(bǔ)稅款。這樣，就為分支機(jī)構(gòu)合理節(jié)稅提供了政策依據(jù)和保障。
當(dāng)企業(yè)設(shè)立分支機(jī)構(gòu)時(shí)，由于設(shè)立初期分支機(jī)構(gòu)面臨高昂的成本支出，所以虧損的概率較高，通常采用分公司的形式較為合適，可以享受和總部收益盈虧互抵的好處。經(jīng)過(guò)兩三年的經(jīng)營(yíng)期間，分公司開(kāi)始轉(zhuǎn)虧為盈時(shí)，再把分公司變更注冊(cè)為子公司，這樣可以降低分支機(jī)構(gòu)對(duì)總機(jī)構(gòu)的法律影響。
八類分支機(jī)構(gòu)不需要就地預(yù)繳所得稅
根據(jù)財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局、中國(guó)人民銀行關(guān)于印發(fā)《跨省市總分機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預(yù)算管理暫行辦法》的通知（財(cái)預(yù)〔2008〕10號(hào)）等相關(guān)文件規(guī)定，以下八類分支機(jī)構(gòu)不需要就地預(yù)繳企業(yè)所得稅，這為總部和分公司匯總納稅提供了更為優(yōu)越的條件，可以更好地享受總分機(jī)構(gòu)匯總納稅政策，避免了因分公司就地預(yù)繳企業(yè)所得稅而造成貨幣時(shí)間價(jià)值的損失，這八類企業(yè)是：
1.垂直管理的中央類企業(yè)，其分支機(jī)構(gòu)不需要就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。如中國(guó)銀行股份有限公司、國(guó)家開(kāi)發(fā)銀行、中央?yún)R金投資有限責(zé)任公司、中國(guó)石油天然氣股份有限公司等繳納所得稅未納入中央和地方分享范圍的企業(yè)。
2.三級(jí)及以下分支機(jī)構(gòu)不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅，其經(jīng)營(yíng)收入、職工工資和資產(chǎn)總額統(tǒng)一計(jì)入二級(jí)分支機(jī)構(gòu)。
3.分支機(jī)構(gòu)不具有獨(dú)立生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)的職能部門(mén)時(shí)，該不具有獨(dú)立生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)的職能部門(mén)不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。如果分支機(jī)構(gòu)具有獨(dú)立生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)的職能部門(mén)，但其經(jīng)營(yíng)收入、職工工資和資產(chǎn)總額與管理職能部門(mén)不能分開(kāi)核算的，則該獨(dú)立生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)部門(mén)也不得視同一個(gè)分支機(jī)構(gòu)，其企業(yè)所得稅允許和總部匯總繳納，而不需要就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。
4.不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)職能，且在當(dāng)?shù)夭焕U納增值稅、營(yíng)業(yè)稅的產(chǎn)品售后服務(wù)、內(nèi)部研發(fā)、倉(cāng)儲(chǔ)等企業(yè)內(nèi)部輔助性的二級(jí)及以下分支機(jī)構(gòu)，不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。
5.上年度認(rèn)定為小型微利企業(yè)的，其分支機(jī)構(gòu)不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。
6.新設(shè)立的分支機(jī)構(gòu)，設(shè)立當(dāng)年不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。
7.撤銷的分支機(jī)構(gòu)，撤銷當(dāng)年剩余期限內(nèi)應(yīng)分?jǐn)偟钠髽I(yè)所得稅款由總機(jī)構(gòu)繳入中央國(guó)庫(kù)。
8.企業(yè)在中國(guó)境外設(shè)立的不具有法人資格的營(yíng)業(yè)機(jī)構(gòu)，不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。
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