案例：
我公司以項目公司取得國有土地使用權，擬進行房地產開發。后因為資金原因，選擇將該項目公司100%股權轉讓給其他企業。請問股權轉讓行為是否需要繳納土地增值稅？
一、轉讓股權從法律上不等于轉讓土地使用權
這個問題不用多說，該案例中的法律關系是股權轉讓交易行為，而非土地使用權交易行為，如果將二者混為一談，就意味著將股東財產和公司法人財產混為一談，顛覆了有限責任公司存在的基礎。這在法律上是不能接受的。
二、為什么會出現股權轉讓中土地增值稅風險？
事情的根源在于2000年國稅總局的一個批復，我們先來看看這個文件怎么說的：
國家稅務總局關于以轉讓股權名義轉讓房地產行為征收土地增值稅問題的批復 國稅函[2000]687號
廣西壯族自治區地方稅務局：
你局《關于以轉讓股權名義轉讓房地產行為征收土地增值稅問題的請示》 （桂地稅報〔2000〕32 號）收悉。鑒于深圳市能源集團有限公司和深圳能源投資股份有限公司一次性共同轉讓深圳能源（欽州）實業有限公司100 ％的股權，且這些以股權形式表現的資產主要是土地使用權、地上建筑物及附著物，經研究，對此應按土地增值稅的規定征稅。
國家稅務總局
二〇〇〇年九月五日
這個文件詮釋了稅務機關對于“實質重于形式”原則的理解，在這個案例中，目標公司股權100%一次性共同轉讓是形式，稅務機關認為土地房產交易是實質，既然如此當然應按照業務實質繳納土地增值稅，避免了國家稅款流失，十分完美。當然687號文的出臺有極為復雜的背景和案例細節，我們在這里不做深入討論。僅就文件本身及后續影響做一些分析。
那么最需要關注的是，這個文件自出臺開始就爭議不斷，不僅僅是企業和稅務機關的爭議，稅務機關之間對于該文件的理解也各有不同，主要集中在文件適用性、什么是100%一次性轉讓、如何理解資產主要是土地房產以及誰來交稅幾個關鍵點，下面談談我的個人看法。
三、關于687號文件的適用性
687號文是國稅總局批復給廣西稅務局的，屬于稅務機關公文中的“批復”，對于批復的具體適用情況，《全國稅務機關公文處理辦法》中是這樣界定的：
批復，適用于答復下級機關請示事項。批復一般分為政策性批復、問題性批復和事務性批復。批復屬下行文。上級機關批復下級機關的請示時，必須明確表態，若予否定，應寫明理由。批復一般只送請示單位，若批復的事項需有關單位執行或者周知，可抄送有關單位。若請示的問題具有普遍性，可使用“通知”或其他文種行文，不再單獨批復請示單位。
從這個界定可以看出，批復應為一事一議，也并未抄送其他稅務機關，國稅總局僅僅是就這個案例做了批復。從法律意義上講只對廣西稅務局這個個案具有法律效力。但問題在于，在實質重于形式的大原則下，其他地方稅務機關仍可以參照執行，這正是麻煩所在。
四、如何理解100%股權一次性共同轉讓？
案例中由于項目公司有兩個股東，兩個股東同時將所有股權轉讓，因此文件用了這個措辭，實務中的企業如果想要規避687號文的陰影，建議在股權轉讓模式上進行重新設計：
第一，盡量不要出現100%股權一次性轉讓，實務中的股權轉移也通常是分次分批轉移，因此可以將股權轉讓拆分為不同的兩次甚至三次轉移，而且時間間隔盡量長一點，比如一年以上；
第二，如果有兩個以上股東，盡量在轉讓模式設計上不要全部轉給一個股東，可以考慮轉移給不同股東，避免共同轉讓陷阱。
五、如何理解“以股權形式表現的資產主要是土地使用權、地上建筑物及附著物”？
這個也是687號文界定交稅的重要條件，也就是說股權的實質是自產，資產主要是土地房產，那就要實施穿透了，實務中如果房地產項目公司只有一塊土地，當然無話可說，如果有其他資產和業務，能否推翻這一條界定？文件并沒有給出答案，個人覺得至少土地房產超過資產的三分之二才可以做這樣的理解。
六、如果適用687號文誰應該繳納土地增值稅？
這好像不是個問題，但偏偏是一個最重要的問題，如果按照687號文認定，轉讓股權本質上就是轉讓土地房產，應該繳納土地增值稅，納稅主體應該是誰？稅務機關依然爭議頗多。
項目公司交稅顯然不對，對項目公司而言，財稅基礎未發生任何變化，變得只是股東。股東應該交稅嗎？看起來好像也不大對，但從文件措辭來講，是將股東轉讓股權視為轉讓土地房產，因此我的理解應該是由股東繳納土地增值稅。但股東繳納完土地增值稅后，項目公司未來再將土地房產轉讓時，實施土地增值稅清算其扣除項目如何界定？如果按照賬面價值則會造成土地增值稅的多交，因此我理解應當按照股權轉讓價格作為扣除項目，因為上個環節股東已經交過稅了。
七、我的最終觀點
1、687號文像一個幽靈始終盤旋在企業頭頂，尤其是房地產公司項目轉讓時，一定要關注687號文風險。
2、我個人并不認同687號文的穿透原則，很多稅務機關實務中并未一刀切就能說明大多數人其實對于這個文件心存疑慮。
3、但企業并不應當將希望寄托在稅務機關的理解上，最好的做法是在收購模式的設計上預先準備，避免被認定為100%股權一次性共同轉讓。
來源：焦點財稅；作者：李舟
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