母公司招拍掛全資子公司開發模式的由來
房地產公司異地招拍掛土地，通常會按照當地政府要求在當地成立公司，但招拍掛之前通常當地公司尚未成立，企業通常是在確認招拍掛成功后再設立當地公司，這就涉及到土地手續變更問題。
2006年國土資源部出臺的《關于印發《招標拍賣掛牌出讓國有土地使用權規范》（試行）和《協議出讓國有土地使用權規范》（試行）的通知》（國土資發〔2006〕114號）文件中，就已經明確了這種操作方式：
“申請人競得土地后，擬成立新公司進行開發建設的，應在申請書中明確新公司的出資構成、成立時間等內容。出讓人可以根據招標拍賣掛牌出讓結果，先與競得人簽訂《國有土地使用權出讓合同》，在競得人按約定辦理完新公司注冊登記手續后，再與新公司簽訂《國有土地使用權出讓合同變更協議》；也可按約定直接與新公司簽訂《國有土地使用權出讓合同》。”
也就是說，政府同意這種因新公司設立時間差而導致的土地手續變更。并愿意配合簽署變更協議和土地手續辦理。
實務中的風險與應對策略
理論與實務永遠有差距，實務中這種模式出現諸多爭議和風險，現將我們主要遇到過的問題及應對策略分析如下：
1、變更協議究竟是兩份還是三方？
房地產公司（母公司）招拍掛后先同政府簽署國有土地使用權出讓協議，后面按照約定設立項目公司的，項目公司協議如何簽署？國土資源部的文件給了兩種方法：可以簽署變更協議，也可以同項目公司新簽協議。變更協議代表這事情是從母公司延續過來的，如果新簽協議，那就相對簡單，可以視為項目公司直接從政府手中取得土地。
稅法對協議的要求是“房地產開發企業、項目公司、政府部門三方簽訂變更協議或補充合同，將土地受讓人變更為項目公司”，這里特別要注意一定是三方協議，我們實務中遇到過政府直接同項目公司簽署變更協議的，這從法律上和邏輯上都是不嚴謹的，而且容易引發未來的涉稅風險。
2、土地價款支付后的出讓金票據應該開給誰？
通常情況下，房地產母公司繳納土地出讓金后，政府會將出讓金票據開給母公司，未來簽署項目公司變更協議后，理論上應該講出讓金票據換成項目公司，但實務中票據更換非常艱難。
雖然稅法文件中并未明確提到出讓金票據更換問題，但很多地方稅務機關在這里提出異議，我們的建議是兩個：
第一，如果已經預判要設立項目公司，母公司繳納土地出讓金時咱不要開具專用票據，待項目公司簽署變更協議后直接開具即可；
第二，如果已經開具給母公司，項目公司可以寫一個情況說明或者備忘錄，就票據無法更換事宜尋求政府背書，由土地管理部門蓋章確認即可。
3、如何理解項目公司100%由母公司控股？
稅法中特別注明了這一條看起來是為了防止土地使用權在這個變更環節被轉讓，但是否意味著未來這個項目公司永遠都必須是房地產母公司100%持股？這同樣是稅企爭議較大的地方，我們的看法是稅法中的條款指的是變更協議簽署的當期，未來項目公司股權是否轉移或者是否有新的投資人加入進來都屬于經營正常情況，并不能因此而質疑當初變更時的操作模式。
來源：焦點財稅；作者：李舟
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