電子發(fā)票歸檔保存分以下幾種情況進(jìn)行：
（1）已建立電子檔案管理系統(tǒng)，實(shí)施了會計(jì)信息系統(tǒng)
①與電子發(fā)票相關(guān)的記賬憑證、報(bào)銷憑證等已全部實(shí)現(xiàn)電子化（不包括紙質(zhì)憑證掃描，下同）：
可將電子發(fā)票與相關(guān)的記賬憑證、報(bào)銷憑證等電子會計(jì)憑證通過歸檔接口或手工導(dǎo)入電子檔案管理系統(tǒng)進(jìn)行整理、歸檔并長期保存，歸檔方法可參照《企業(yè)電子文件歸檔和電子檔案管理指南》（檔辦發(fā)〔2015〕4號）。
②與電子發(fā)票相關(guān)的記賬憑證、報(bào)銷憑證等未實(shí)現(xiàn)電子化：
可單獨(dú)將電子發(fā)票通過歸檔接口或手工導(dǎo)入電子檔案管理系統(tǒng)進(jìn)行整理、歸檔并長期保存；整理、歸檔、長期保存方法可參照《企業(yè)電子文件歸檔電子檔案管理指南》（檔辦發(fā)〔2015〕4號）。
（2）無電子檔案管理系統(tǒng)：
①實(shí)施了會計(jì)信息系統(tǒng)，與電子發(fā)票相關(guān)的記賬憑證、報(bào)銷憑證等已全部實(shí)現(xiàn)電子化：
可將電子發(fā)票與相關(guān)的記賬憑證、報(bào)銷憑證等移交會計(jì)檔案管理人員保存，編制檔號，存儲結(jié)構(gòu)建議采取下圖所示方式：
同時(shí)，建立電子會計(jì)檔案臺賬或者目錄，臺賬或者目錄的結(jié)構(gòu)建議如下表：
②未實(shí)施會計(jì)信息系統(tǒng)，與電子發(fā)票相關(guān)的記賬憑證、報(bào)銷憑證未實(shí)現(xiàn)電子化：電子發(fā)票以電子形式移交會計(jì)檔案管理人員保存。
同時(shí)，建立電子發(fā)票臺賬或者目錄，臺賬或者目錄的結(jié)構(gòu)建議如下表：
此外,保存電子發(fā)票時(shí)，應(yīng)當(dāng)采用多重備份、定期檢測等方法，保證電子發(fā)票檔案在規(guī)定的保管期限內(nèi)不會丟失并能被讀取。
依據(jù)：財(cái)政部、國家檔案局、國稅總局有關(guān)司局就電子專票全流程電子化管理操作等有關(guān)問題進(jìn)行解答。
來源：財(cái)務(wù)第一教室，稅務(wù)大講堂，梅松講稅
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